Las primeras referencias históricas las encontramos en 1524, cuando Francisco Cortés de San Buenaventura, primo y lugarteniente del conquistador Hernán Cortés, dirigió un ejército en dirección al norte desde Colima. A su llegada, el explorador conoce a Coaxicar, descrito como amo y señor del Tlatoanazgo o monarquía autónoma de Xochitepec. Junto con ésta, otra referencia es la Relación de visitación de Gonzalo Cerezo y Diego de Coria de 1525 durante la misma expedición. El objetivo era un censo de población en la región, incluidas las localidades laguneras de Magdalena. En éstas, se menciona como cabecera de la provincia al poblado de Etzatlán, que incluye dentro de sus localidades a Ocotitlán y Atitlán, última referencia a la isla de la laguna de Magdalena que descansa dentro de San Juan de Atlitic, hoy San Juanito de Escobedo. En los reportes del censo, los encomendados describen la gran laguna de agua dulce y algunos aspectos de la forma de vida de los habitantes como la obtención de recursos lacustres, la presencia de tianguis, la organización de asentamientos. Propiamente, sobre la Isla de Atitlán se menciona:

“Vesitó el dicho señor este día un peñol que tiene en dicha laguna, muy poblado, que se dice Atitlán, una legua de la cabecera que le cerca el agua; es de media legua de boxo, l cual dijo que tiene LXX casas, e visto por el dicho vesitador le pareció que tiene doscientas y cincuenta casas e quinientos hombres, y esta gente que está en este peñol es de la cabecera que por medio de las guerras se metieron dentro, y tienen sus labranzas fuera de las tierra, las casas deste peñol son las paredes de piedra y la cobertura de paja, hay pues a manera de los Calna y las piedras labradas; está este peñol dos tiros de la ballestra de la tierra firme, tratan de mucho pescado, los mas destos son naguatatos” (Guzmán y Cortés, 1531(1937): 558-559).